Apabila kerajaan Tunisia retak ekoran Parti Ennahda pada tahun 1991, Marzouki berhadapan dengan Presiden Tunisia Ben Ali yang memintanya untuk mematuhi undang-undang. Pada tahun 1993, Marzouki adalah ahli pengasas Jawatankuasa Kebangsaan bagi Pertahanan Tawanan. Beliau telah ditangkap beberapa kali atas tuduhan penyebaran berita palsu dan bekerja dengan pergerakan Islam yang diharamkan.. Beliau kemudiannya telah menubuhkan Jawatankuasa Kebangsaan untuk Kebebasan. Beliau menjadi Presiden Suruhanjaya Hak Asasi Manusia Arab dan 17 Januari 2011 berterusan sebagai ahli Lembaga Eksekutif.

Pada tahun 2001, beliau mengasaskan Kongres Republik .Ia telah diharamkan pada tahun 2002, tetapi Marzouki berpindah ke Perancis dan meneruskan perjuangan dari sana.

Berikutan Presiden Zine El Abidine Ben Ali berlepas dari Tunisia dan Bantahan Tunisia 2010-2011, Marzouki mengumumkan kembali ke Tunisia dan niatnya untuk bertanding bagi jawatan presiden .